A história de Santo Augusto teve início a partir das Missões Religiosas dedicadas a catequese indígena. No entanto, tais missões não deixaram marcas, já que se dedicaram especialmente a extração da erva-mate.
A colonização e o povoamento tiveram origem no ano de 1918, com a instalação de uma casa comercial a margem da estrada que ligava a Colônia Militar do Alto Uruguai a Ijuí e Catuípe (este conhecido por Rio Branco). Com a ideia de homenagear a família Chagas e perpetuar o nome da Fazenda, a Sra. Josefina Lucas Silva e Dona Fifina, esposa de Pompílio Silva, sugeriu então o nome de Santo Augusto, tornando-se definitivo tal nomenclatura ao local que até então já fora conhecido como Rincão de São Jacob e posteriormente Boca da Picada.
Em 28 de outubro de 1928, Santo Augusto passou a ser Distrito de Palmeira das Missões e em 1945, com a emancipação de Três Passos, passou a integrar este, na condição de Distrito.
Em 1959, pela Lei Estadual nº 3.721, de 17 de fevereiro, foi criado o município de Santo Augusto. Em maio do mesmo ano foram realizadas as primeiras eleições para eleger os mandatários do município, sendo eleitos os Senhores Oswaldo Pio Andrighetto para prefeito, e Arnaldo Macagnam para Vice Prefeito. Em 30 de maio do mesmo ano foram empossados, sendo esta a data escolhida para comemorar o dia do município.
