Com a aquisição do "Polígono D" da Fazenda Norte de Quatro Irmãos, pela firma Moysés Iochpe & Outros, adquirida da antiga ICA Jehys Colonization Corporation, e prevendo a construção da Usina Hidrelétrica do Rio Passo Fundo, resolveu, a firma compradora, fazer um loteamento rural da gleba, bem como lum oteamento urbano com um traçado regular e bem-locado. Nascia assim Vila Alegre.
Agnol que com a intenção de atender os funcionários da CEEE, os quais faziam o levantamento topográfico e a sondagem da futura Usina Hidrelétrica do Rio Passo Fundo, bem como atender os colonos que começavam a entrar na área a ser desbravada, se instalou na sede de Vila Alegre. Nesta altura, foi construída uma pequena escola que seria atendida por uma professora da Prefeitura de São Valentim. Em 1961, pelo Decreto nº 12.241 do Governo do Estado, foi criada a Escola Rural Isolada de Vila Alegre, visando atender os alunos da redondeza.
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Em agosto de 1966 começaram a aparecer as primeiras máquinas que iriam trabalhar na construção da Usina Hidrelétrica do Rio Passo Fundo, e com elas operadores e demais funcinários para tal. O nome do Município foi escolhido Entre Rios do Sul por estar localizado entre dois rios, o Passo Fundo e o Erechim.
Em 1989, foi realizado um concurso entre os estudantes, para a escolha da bandeira do município e o brasão. A comisão julgadora escolheu a bandeira criada pelo estudante que descreveu a bandeira do município da seguinte forma: "A bandeira retangular com três faixas diagonais com as cores Roxo terra no centro que representa a terra de Entre Rios do Sul, ladeada pela cor azul que representa os rios que banham o município, o Rio Passo Fundo que origina a Barragem e o Rio Erechim."
